Il mistero è alla base di tutta la trama di One Piece: il One Piece, dal quale deriva anche il titolo, è il mistero più evidente. Il concetto di "tesoro" in One Piece è molto relativo. In tutta la storia, le cose più preziose sembrano essere quelle a cui si è fortemente legati. Grande importanza hanno anche le promesse, sia verso gli altri che a sé stessi: il cappello di paglia di Rufy ne è il più tipico esempio.
Misteri
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| Poignee Griffe: non si sa ancora cosa si potrà leggere sul Real Poignee Griffe riguardo ai Cento anni bui e sul regno di cui ha parlato Clover. | Gol D. Roger: sono sconosciuti i suoi poteri e la sua capacità di "sentire la voce delle cose". | Armi ancestrali: sono antiche armi i cui segreti sono scolpiti sui Poignee Griffe. Si conoscono i nomi delle tre armi: Pluton, Poseidon ed Uranus. A parte il fatto che Poseidon sia stata svelata dopo l'avventura nell'isola degli uomini-pesce, si hanno pochissime notizie sul loro conto, ma si dice che siano in grado di distruggere il mondo intero. |
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| Frutti del diavolo: non si sa quale sia la loro origine. Inoltre, la procedura che consente ad un oggetto di acquisire il potere di un frutto del diavolo è sconosciuta. | Vegapunk: è il più grande scienziato del mondo al servizio del Governo mondiale. A detta di Orso Bartholomew, le sue conoscenze sono così avanzate che il resto dell'umanità le raggiungerà solo tra 500 anni. Nelle SBS del volume 48, Oda ha affermato che apparirà presto, rivelando alcuni dei misteri sui frutti del diavolo. | Kaido: finora, non è mai apparso fisicamente e di lui si sa solo che è uno dei 4 imperatori e che è il principale nemico di Gekko Moria. |
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| D.: non si sa né l'origine né cosa voglia dire o nascondere. Barbabianca sostiene che coloro i quali presentano questa caratteristica abbiano uno spirito affine a quello di Gol D. Roger e contribuiranno ad apportare grandi cambiamenti alla storia del mondo. | Monkey D. Dragon: personaggio enigmatico comparso in rarissime occasioni. È un rivoluzionario, nonché l'uomo più temuto dal Governo mondiale. Ha dei segni sul viso che ricordano i caratteri incisi sui Poignee Griffe. È il padre di Rufy ed è figlio di Garp. Non è completamente nota, inoltre, la natura dei rapporti fra lui ed Emporio Ivankov. | Pirati Rumba: è sconosciuta l'identità della ciurma che li annientò. |
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| La Nuova Era: molti personaggi, compresi Shanks il rosso, Silvers Rayleigh e Donquijote Doflamingo, dicono che sia alle porte ma non è stato spiegato chiaramente in cosa consista. Prima di essere colpito dall'Ammiraglio Akainu, Portuguese D. Ace ha affermato che il nome dell'era corrente è "Barbabianca". | Ombre apparse nel Triangolo Florian: non si sa cosa siano le colossali ombre comparse nel Triangolo Florian dopo la sconfitta di Gekko Moria a Thriller Bark. | Orso Bartholomew: non si sa cosa siano le colossali ombre comparse nel Triangolo Florian dopo la sconfitta di Gekko Moria a Thriller Bark. |
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| Taglie: molte taglie di personaggi sono tuttora ignote, come quelle di Gol D. Roger, dei 4 imperatori, di Drakul Mihawk, di Monkey D. Dragon ed altri. | Favore di Garp a Aokiji: è ancora ignoto il favore fatto da Garp ad Aokiji. | Crocodile: prima degli eventi narrati, ebbe a che fare con Barbabianca, dal quale fu pesantemente sconfitto, e con Emporio Ivankov, che quando era un novellino scoprì un suo segreto; ciononostante non si conoscono i particolari di queste vicende. |
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| Marshall D. Teach: è sconosciuto il metodo grazie al quale Barbanera ha sottratto i poteri del frutto del diavolo a Barbabianca, come anche la natura della sua struttura corporea anomala che gli permette di possedere più di un frutto del diavolo. | Big Mom: finora, è apparsa in una sola occasione rimanendo in gran parte nascosta nell'ombra; è l'unica donna dei 4 imperatori e si sa pochissimo sul suo conto, tranne per il fatto che, fino all'arrivo di Rufy, pretendeva una tassa in dolciumi dall'isola degli uomini-pesce. | Intangibilità Rogia degli Ammiragli: sconosciuta la tecnica con la quale l'ex trio di Ammiragli Akainu, Aokiji e Kizaru siano riusciti a conservare il potere dei loro Rogia nel momento in cui subivano attacchi da parte di nemici che sfruttavano l'Ambizione. |
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| Joy Boy: Robin ed i regnanti dell'isola degli uomini-pesce hanno citato, a più riprese, un fantomatico Joy Boy; a parte il fatto che fosse in qualche modo legato all'immensa arca Noah, non si sa nulla di questo personaggio. | L'occhio di Zoro: Zoro, dopo i due anni di allenamento, ha perso l'occhio sinistro. Non si sa come tale menomazione sia avvenuta e, altrettanto enigmaticamente, nessuno dei suoi compagni pare farvi caso. |
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