Il dottor Vegapunk è un famoso scienziato che lavora per il Governo mondiale. Non è ancora apparso fisicamente, ma è stato menzionato diverse volte per via delle sue importanti scoperte. Viene citato per la prima volta da Kobi che lo definisce "un grande uomo" ed è il capo della branca scientifica della Marina. Ha inventato il metodo che usa la Marina per attraversare le fasce di bonaccia: è sufficiente rivestire la chiglia delle navi con uno strato di agalmatolite marina; il minerale, infatti, sprigiona la stessa energia del mare e quindi i giganteschi mostri che abitano le fasce di bonaccia non si accorgono del passaggio delle navi. Inoltre, studia i frutti del diavolo ed è lui ad aver inventato il modo con il quale un oggetto può mangiare un frutto (come accade ad esempio il fucile di Mr. 4 o la spada di Spandam). Ha inoltre modificato il corpo di Orso Bartholomew tramutandolo prima in un cyborg, e poi in un'arma umana priva di volontà e agli ordini del Governo: quest'ultimo afferma che ha progredito in modo tale nella scienza che il resto dell'umanità potrà raggiungere le sue conoscenze solo tra 500 anni. Come visto nelle miniavventure di Franky, egli aveva un laboratorio nell'isola invernale di Karakuri dove pare essere nato; gli abitanti dell'isola lo definiscono ancora adesso come "Il genio", e sperano in un suo futuro ritorno. Come spiega Barbabruna, fino a due anni prima dell'inizio della storia Vegapunk aveva la sua base sull'allora rigogliosa isola di Punk Hazard, tuttavia, a causa di un esperimento fallito da lui e dal suo assistente-rivale Caesar Clown, due dei tre laboratori esplosero e l'esplosione rese le condizioni di vita sull'isola insostenibili: pertanto l'isola è stata abbandonata[9]. Quando la ciurma di Cappello di Paglia giunge all'isola degli uomini-pesce, Franky afferma di aver realizzato il sogno di Vegapunk, sfoderando contro i Nuovi pirati uomini-pesce un enorme robot da lui chiamato Iron Pirate "Franky Shogun".